Date of Award

6-2020

Document Type

Thesis

Degree Name

Master of Science (MS)

Department

Biology

First Advisor

Synan AbuQamar

Second Advisor

Rabah Iratni

Third Advisor

Dr. Muhammad Shahid Nazir

Abstract

Short Tandem Repeats (STRs), have become increasingly popular markers of choice due to its wide array of advantages in the sector of forensic investigation. It is necessary to expand genetic research into residing populations i.e., Indian and Pakistani, in the same geographic region such as in the United Arab Emirates (UAE). The objectives of this study were to: (1) assess the forensic efficiency parameters and population structure analysis of the autosomal STR loci for the most potent amplification kit (2) estimate the allele frequencies; and (3) determine the significance of increasing the number of STR loci used in forensic DNA analysis. This study focused on 23 autosomal STR loci, namely D3S1358, vWA, D16S539, CSF1PO, TPOX, D8S1179, D21S11, D18S51, D2S441, D19S433, TH01, FGA, D22S1045, D5S818, D13S317, D7S820, D10S1248, D1S1656, D12S391, D2S1338, D6S1043, Penta D and Penta E which were evaluated in a total of 701 Indian and Pakistani population, living in the UAE. Blood samples were collected and the studied loci were amplified using VeriFiler™Express PCR Amplification Kit and electrophoresed using ABI 3500 Genetic Analyzer. Arlequin and Powerstat software was utilized to analyze the forensic parameters and population structure analysis. A total of 248 and 298 alleles was observed in the Indian and Pakistani population, respectively. Among all studied loci, prominent results were attained from Penta E. Genetic diversity between the two populations, ranged from 70% (TPOX) to 92% (Penta E). The combined probability of power of exclusion (CPE), power of discrimination (CPD) and random match probability (CMP) in the Indian population was 0.999999991519, 0.99999999999999999999999989897 and 4.8x10-26, respectively. Whereas, the Pakistani population showed combined probability of 0.999999990719, 0.99999999999999999999999999901 and 4.4x10-26, following the same order of parameters previously mentioned. This confirms that these 23 loci are suitable for individual identification, paternity testing, kinship analysis and population diversity studies in forensic practice.

Comments

أصبح استخدام البصمة الوراثیة واسع الانتشار في مجال الأدلة الجنائیة وبالأخص تقنیة الترددات القصیة المتكررة (STR) المنتشرة في الحمض النووي البشري في مواقع متفرقة نظراً لإیجابیاتھا المتعددة. فھذه التقنیة لھا استخدامات في الأبحاث الجینیة وتشمل التعرف على ھویة الأشخاص وإثبات النسب للأشخاص ودراسة التركیبات السكانیة كالشعب الھندي والباكستاني على نفس المنطقة الجغرافیة وھي دولة الإمارات العربیة المتحدة في ھذه الدراسة. أھداف ھذا البحث شملت: ( 1 تقییم كفاءة العوامل الجنائیة، وتحلیل التركیبة السكانیة 2.) تقدیر تكرر الترددات الألیلیة لأقوى طریقة مستخدمة لتكثیف المواقع. 3 تحدید أھمیة زیادة عدد العینات و والترددات القصیرة المنتشرة في مواقع متفرقة من الحمض النووي في التحلیل الجنائي. في ھذه الدراسة تم التركیز على تحدید نسب الترددات لثلاثة وعشرون موقع؛ 539 ,D3S1358, vWA, D16S D21S11, D18S51, D2S441, D19S433, TH01, FGA ,D7S820 , D10S1248 ,D1S1656 , D12S391 , D2S1338 ,CSF1PO, TPOX, D8S1179, D13S317 , D5S818 , Penta D and Penta E .D6S1043, وذلك من خلال تحلیل 701 عینة من الشعبین الباكستاني والھندي المقیمین في دولة الامارات العربیة المتحدة. لھذه الدراسة تم جمع عینات الدم وتحلیلھا باستخدام البصمة الوراثیة ( Verifiler™ Express Amplification Kit ) . بعد إتمام عملیة تكثیف تلك المواقع من خلال استخدام تقنیة التفاعل البلمري (PCR ) تمت قراءة تلك المواقع باستخدام تقنیة الفصل الكھربائي عن طریق الشعیرات ( Capillary Electrophoresis ) باستخدام جھاز (3500 Genetic Analyzer ). بالإضافة للقیام بالحسابات الإحصائیة باستخدام برنامج ( PowerStat ) و (Arlequin ) من أجل دراسة المتغیرات والمؤمشرات الجنائیة. عن طریق دراسة 248 و 298 ألیل من الشعب الھندي والباكستاني على التوالي. ضمن كل المواقع الجینیة التي تمت دراستھا معظم النتائج كانت من التكرار الخماسي .E فقد كان التنوع الجیني بین الشعب الھندي والباكستاني بنسبة تتراوح ما بین 70% للتكرار خماسي و92% لمواقع .TPOX والتي من خلالھا تم تحدید قوة التمییز للبصمة الوراثیة المستخدمة وقوة استبعاد الأشخاص واحتمالیة التطابق العشوائي مع شخص مجھول كالآتي :و 0.9999999999999999999999998989 و 26‾ 4.8Χ10 على التوالي في الشعب الھندي، بینما في الشعب الباكستاني كانت القیاسات كالتالي 0.999999990719 و 0.9999999999999999999999999990 و ²⁶⁻ 4.4ⅹ10 على التوالي. والذي بدوره أثبت أن ھذه ال 23 مواقع الجینیة التي تم تحلیلھا یمكن الاعتماد علیھا للتعرف على ھویة الأشخاص، اختبار الأبوة، وإثبات النسب للأشخاص، ودراسة التركیبة السكانیة والتي عادة تستخدم بالتحالیل الجنائیة.

Download

Share

COinS