Date of Award

11-2019

Document Type

Thesis

Degree Name

Master of Science (MS)

Department

Biology

First Advisor

Synan AbuQamar

Second Advisor

Dr. Ranjit Vijayan

Third Advisor

Dr. Mohammad Shahid Nazir

Abstract

Short Tandem Repeats (STRs) are short nucleotide sequence repeats consisting of 2-8 base pairs (bp), representing approximately 3% of human DNA. Markers of STRs have been widely used as genetic markers in forensic DNA analysis and have proven to be an extremely discriminating method for human identification in forensics. The main objective of this research was to evaluate a six-dye STR multiplex assay (Virifiler™ Plus) composed of 23 autosomal STR loci, one insertion/deletion polymorphic marker on the Y chromosome, Amelogenin and two internal quality control markers (IQCS and IQCL) using biological stains found in different crime scenes. The study investigated the performance of several tests, including: sensitivity, reproducibility, stability, heterozygote balance, precision, mixture study and concordance study. The results showed that the assay was reproducible, sensitive, accurate and robust. Sensitivity testing showed that a full profile could be obtained even with 63 pg of human DNA. Heterozygous allele balance varied between 60-99% for samples with total DNA input ranging from 1 ng-500 pg. It is also suitable for mixture studies which occur when the evidence contains a mixture of DNA coming from several contributors. All alleles of minor contributors were called for ratios of 1:1, 1:3 and 3:1. Overall, the current study demonstrates that this multiplex assay is robust and reliable as an assay for human identification with forensic casework samples, and most importantly is suitable to be used in Dubai Forensic Laboratory and other forensic laboratories worldwide. This study is the first to evaluate Virifiler™ Plus with casework samples.

Comments

تعتبر ترددات البصمة الوراثية القصيرة عبارة عن سلسلة قصيرة من القواعد النيتروجينية المتكررة والتي يتراوح طولها ما بين 2-8 القواعد نيتروجينية زوجية، و هي تشكل ما يقارب 3% من تكوين الحمض النووي للإنسان. أصبحت ترددات المواقع الجينية للبصمة الوراثية العلامة الجينية المختارة في التحليل الجنائي للعينات البيولوجية. وأثبتت أنها وسيلة تمييزية للكشف عن هوية الانسان في التحاليل الجنائية. إن الهدف الرئيس من هذه الأطروحة هو تقييم فحص ترددات المواقع الجينية للبصمة الوراثية (VirifilerTMPlus) والتي تتكون من 23 موقع جيني منتشرة على الكروموسومات الرئيسية المكونة للحمض والنووي بالإضافة الى مواقع من الحمض النووي متعددة الأشكال على الكروموسومين (XY) اللذان يحددان جنس الانسان وعلامات مراقبة جودة تحاليل البصمة الوراثية خاصة العينات المرفوعة من مسرح الجريمة. بحثت هذه الدراسة في أداء العديد من الاختبارات بما في ذلك: الحساسية، قابلية إعادة الحصول على نفس النتائج بالتكرار، الثبا ت، توازن الزيجوت المتغاير، الدقة، دراسة العينات المختلطة التي تنتج من الآثار المحتوية على الحمض النووي لعدة أشخاص ودراسة توافق العينات. بر هنت الدراسة بأن هذا الفحص قابل لإعادة الإنتاج وعلى درجة عالية من الحساسية والدقة والقوة. هذا وأظهرت اختبارات الحساسية انه يمكن الحصول على قراءات متكاملة من الحمض النووي باستخدام كمية 63 بيكوغرام من الحمض النووي الآدمي. تراوح توازن الزايجوت المتغاير بين%99-60 للعينات التي ت كون كمية الحمض النووي فيها 1 نانوجرام- 500 بيكوجرام. يعتبر هذا الفحص منا سبا، لدراسة العينات المختلطة. حيث أن جميع أليلات المساهم الثانوي كانت مقروءة بالنسب 1:1, 1:3, و 3:1 تظهر الدراسة، وبشكل عام، أن هذا الفحص مناسب ودقيق لتحديد هوية الانسان في العينات المرفوعة من مسرح الحوادث الجنائية و ملائم للاستخدام في المختبر الجنائي بدبي وغيرها من المختبرات الجنائية حول العالم. هذه الدراسة هي أول دراسة لتقييم (VirifilerTMPlus) واستخدامها لتحاليل البصمة الوراثية للعينات المرفوعة من مسرح الجريمة .

Download

Share

COinS