Date of Award

5-2018

Document Type

Thesis

Degree Name

Master of Science in Medical Sciences (MSMS)

Department

Medical Microbiology and Immunology

First Advisor

Tibor Pál

Second Advisor

Ágnes Sonnevend

Abstract

The rapid emergence of carbapenem resistant Enterobacteriaceae (CRE) is a global phenomenon that has not spared the United Arab Emirates. However, unlike in most Western countries with similarly developed health care system, very little data have been available locally on the rate and dynamics of antimicrobial resistance in general, and that of CRE, in particular. Our laboratory has been collecting CRE isolates from Abu Dhabi hospitals since 2009. In the current study we subjected 394 such independent strains, representing 34.0% of the total CRE encountered, to a detailed analysis that included the determination of their antibiotic susceptibility profile, of the type and alleles of the carbapenemases produced, of the pulsotypes and multi locus sequence types of the strains, respectively. 84.0% of the strains produced a carbapenemase. The most common type was OXA-48-like (43.9%) followed by NDM (24.9%). A high rate of double carbapenemase producers (14.5%) was also observed, while no KPC and IMP were encountered. Regarding the specific alleles, OXA-232 and NDM-1 were the most common ones. 16.2% of the strains exhibited non-susceptibility to colistin, while 57.6% to tigecycline, 29.4% exhibited extreme- (XDR), while 5.6% pan-resistance (PDR). Seven major Klebsiella pneumoniae clones were identified: ST14 (n=111), CC147 (n=43), ST231 (n=36), CC101 (n=16), ST11 (n=8), ST45 (n=8) and ST15 (n=5), representing 70.1% of all K. pneumoniae, and 57.6% of all strains encountered. Representatives of these clones were present in majority of the hospitals. The emergence and spread of these clones considerably impacted the local epidemiology of CRE as, in general, they were more likely to be XDR or PDR than the rest of the collection.

Our data show that Abu Dhabi is facing a severe CRE problem. Only a continuous surveillance supported with molecular typing data, as those generated by the current study, could offer the background to successfully control the problem.

Arabic Abstract

إن الظهور السريع لأمعائيات المقاوم للكاربابينيم (سي آر ئي) هي ظاهرة عالمية لم تنج منها دولة الإمارات العربية المتحدة. ومع ذلك وعلى عكس معظم الدول الغربية التي لديها نظام رعاية صحية متطور، فإنه لم يتوفر سوى القليل من البيانات محلياً حول معدل وديناميات مقاومة مضادات الميكروبات بشكل عام، وخصائص أمْعائيّات كاربابينيم المقاومة بشكل خاص. يعمل مختبرنا على جمع خلاصات أمْعائيّات كاربابينيم المقاومة من مستشفيات أبوظبي منذ عام 2009. في الدراسة الحالية، أخضعنا 394 سلالة مستقلة، تمثل 34.0% من إجمالي أمْعائيّات كاربابينيم المقاومة إلى تحليل مفصل يتضمن تحديد مدى حساسيتها للمضادات الحيوية من نوع وأليل الكاربابينيميز المنتجة من سلالة متميزة من البكتيريا وأنواع متسلسلة متعددة الموضع من السلاسلات على التوالي 84.0% من السلالات أنتجت كاربابينيماز. كان النوع الأكثر شيوعاً هو أو اكس أي-48 مماثل لنسبة (43.9%) يليها ان دي ام بنسبة (24.9%). كما لوحظ وجود معدل مرتفع من منتجي الكاربابينيماز المزدوجة (14.5%)، في حين لم يصادف أي جرثومة كلِبسيلَّةُ كاربابينيماز رئوية (كي بي سي)، ول آي ام بي. فيما يتعلق بالأليلات المحددة، كانت أو اكس أي-232 و ان دي ام-1 هي الأكثر شيوعاً. أظهرت 16.2% من السلالات عدم القابلية للتفاعل مع كوليستين، بينما 57.6% لتيجسيكلين، 29.4% أظهرت نسبة (اكس دي آر) مفرطة، في حين أن 5.6% عموم المقاومة (بي دي آر). تم تحديد سبع نسخ من الكلبسيلة الرئوية الكبيرة: اس تي 14 (العدد=111)، سي سي 147 (العدد=43)، اس تي 231 (العدد=36) سي سي 101 (العدد=16)، اس تي 11 (العدد=8)، اس تي 45 (العدد=8) و اس تي 15 (العدد=5) يمثلون 70.1% من كلِبسيلَّةُ الرئوية، و57.6% من جميع السلالات المصادفة. كانت أشباه هذه الاستنساخات موجودة في غالبية المستشفيات. أثر ظهور وانتشار هذه الاستنساخات إلى حد كبير على علم الأوبنة المحلية لأمعائّيات كاربابينيم المقاومة حيث كان من المرجح بشكل عام أن تكون اكس دي آر أو عموم المقاومة من بقية المجموعة.

Download
COinS